PyXaid安装

PyXaid是一款用于非绝热动力学模拟的软件，主要用于计算和分析量子力学和分子动力学耦合过程。它通常用于计算材料和分子系统中的电荷迁移和激发态动力学

软件官网如下，相关的步骤官网以及写的很清楚了，比较简单，下面大概写一下主要步骤

PYXAID (quantum-dynamics-hub.github.io)

一、在想要安装的目录下输入以下命令，得到pyxaid安装包：

git clone git://git.code.sf.net/p/pyxaid/code pyxaid-code

二、进入src_cpp目录，修改Makefile文件：

# UB CCR
p1=/data/software/boost/1.5.7/include/boost
pl1=/data/software/boost/1.5.7/lib

# PYTHON
# UB CCR
p2=/data/home/qc119/anaconda3/envs/py27/include/python2.7
pl2=/data/home/qc119/anaconda3/envs/py27/lib

这里要注意，安装这个软件需要用到boost这个库，该库是一个为C++程序员提供免费的、同行审查的、可移植的高质量C++源程序库，上面makefile中的p1和pl1就是boost库的安装路径，这个库的安装可以自行百度，网上教程很多，或者联系集群管理员进行安装。

下面设置python的路径，注意要用python2.7这个版本，但是，从2020年开始，Anaconda已经停止了对Python 2.7的支持，因此你无法直接从默认的Anaconda通道中获取Python 2.7，所以安装还需要设置镜像，可参考下面的网站：

在Anaconda中添加python2环境-CSDN博客

另外，需要注意的是上面都是添加的头文件的目录，而不是可执行文件的目录，不要写错。

三、上面的做完之后直接在当前目录下输入make，就可以自动安装

四、输入python test.py测试是否安装成功，如果安装成功，则显示如下信息：

================================================================================
PYXAID: PYthon eXtension for Ab Inition Dynamics version 1.0
/***********************************************************
 * Copyright (C) 2013 PYXAID group
 * This program is free software distributed under the terms of the
 * GNU General Public License as published by the
 * Free Software Foundation; either version 3 of the
 * License, or (at your option) any later version.
 * http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt
***********************************************************/
===== Name ========================== Contact info ==============
Alexey V. Akimov              e-mail: alexvakimov@gmail.com      
Oleg V. Prezhdo               e-mail: oprezhdo@chem.rochester.edu
...
Coming soon...

五、将PYXAID包添加到PYTHONPATH上，以便脚本可以找到，PYTHONPATH是一个环境变量，用于指定Python解释器在执行时搜索模块的路径。当Python解释器在导入模块或包时，它将按照PYTHONPATH中指定的顺序去搜索这些路径，直到找到对应的模块或包为止。如果模块或包不在PYTHONPATH中，Python解释器将无法找到它们，从而导致导入错误。可以直接编辑根目录下的.bashrc文件，输入export PYTHONPATH=/path/to/PYXAIS:$PYTHONPATH，注意将/path/to/PYXAIS替换为你的PYXAID所在的目录。添加好之后输入source ~/.bashrc，以使更改生效。到这里就全部安装完成了!