Hefei-NAMD环境配置

1. Python 环境安装

首先，需要安装python环境，因为后面的很多脚本都是用的python。可以使用anaconda进行安装。先下载anaconda安装包，官网可能比较卡，可以使用清华镜像站：

将安装包放在集群上，进入到安装包所在的目录，输入以下命令，然后按照提示操作：

bash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

安装完成后会显示如下内容，并且会出现一个anaconda的目录：

此时我们安装的conda还不能直接使用，我们在终端输入which conda，或者which pip，可以看到并不是我们刚刚安装的目录。

我们需要设置环境变量，将以下命令添加到.bashrc文件中，其中/public/home/xiaqian/anaconda3/bin是我安装anaconda的目录，注意我们要将$PATH放在最后面，这样优先级才最高：

export PATH=/public/home/xiaqian/anaconda3/bin:$PATH

然后我们输入source ~/.bashrc，让刚刚的设置立刻生效。

此时输入which conda，会发现在我们自己安装conda的目录，如图所示：

到目前为止，环境已经配置完成，接下来可以安装需要的模块了。

进入想要下载的目录，在shell中输入下面命令，获得源代码：

git clone https://github.com/QijingZheng/Hefei-NAMD

如果网络不好可能会下载失败，重新输入命令即可，下载完成会出现如下界面：

输入cd /public/home/xiaqian/Software/Hefei-NAMD/src/namd，进入scr下的namd目录，会看到有如下文件：

进入到这个目录下，在shell中输入make，会产生可执行文件，如下图所示：

同时，也需要将它添加到环境变量里面，在.bashrc中添加：export PATH=/public/home/xiaqian/namd/Hefei-NAMD/src/namd:$PATH

此时，namd就已经安装完成了。